Stát nebude ručit za jejich hospodaření.
Změna by se měla uskutečnit od roku 2014, vláda k tomu už schválila věcný záměr zákona. Kromě názvu bude jiný i systém řízení – místo ministerstva zdravotnictví, jako je tomu dosud, bude univerzitní nemocnice kontrolovat správní rada složená ze zástupců ministerstva, vysokých škol a krajů; ta bude i jmenovat ředitele nemocnice. V dozorčí radě pak mají být zástupci státu, školy a zaměstnanců.
Ministr zdravotnictví Leoš Heger ujišťuje, že nejde o krok k privatizaci fakultních nemocnic, jak mnozí pozorovatelé odhadovali. V zákoně prý bude pojistka bránící v jejich převedení do soukromé sféry. Statut univerzitní nemocnice získá každá nemocnice, která uzavře smlouvu s lékařskou fakultou.
Univerzitní nemocnice mají být neziskové, stát nebude ručit za jejich závazky a nebude dotovat jejich hospodaření. Přesně má být stanoveno, že úhrady od zdravotních pojišťoven budou určeny na zdravotní služby pro pacienty, zatímco náklady spojené s výukou studentů bude hradit škola.